Il est alors demandé au Conseil de la ville, un emplacement pour ce jardin, par une requête où est exprimé le désir : « de faire fleurir dans notre ville, la médecine et les arts qui en dépendent ».
Le Conseil accorda l’emplacement des fossés de la ville, s’étendant depuis la porte St-Esprit, le long du jardin des Pères Cordeliers. Mais le jardin, bien que sous la direction de Jean BOMPART et avec la motivation du docteur Antoine DELARBRE ne put jamais être l’objet d’une plantation régulière.
Il fallut attendre 1779 pour que Antoine Delarbre, ordonné prêtre, et devenu curé de la cathédrale de Clermont et membre de la Société Littéraire, affirma la nécessité de la création d’un jardin nouveau à Clermont.
En 1780, par lettre patente du roi Louis XVI, la Société Littéraire devint Académie Royale des Sciences, Arts et belles Lettres de Clermont-Ferrand.
Et en 1781, le Comte d’Aurelles de Terneyre offrait un emplacement pour le jardin, au-dessous de la rue Bansac, la cession était souscrite pour dix-huit années. C’est le 9 août 1781, qu’est inauguré officiellement le nouveau jardin. Delarbre s’en occupa avec un zèle paternel, faisant même construire une serre pour protéger les plantes exotiques.
Delarbre donna des cours publics de botanique, faisant des démonstrations et herborisations dans le jardin.
Suite à un changement de propriétaire du terrain, M. D’Anglard, le nouveau propriétaire, ne voulut point souscrire à la cession si gracieusement faite par M. De Terneyre. Le jardin est à nouveau obligé de déménager en 1786 sur le terrain des pères Capucins, mais leur mauvaise volonté obligea Delarbre à se retirer et à déplacer à nouveau ses plantes.
Un homme de loi, M. Chabrol, offrit un emplacement favorable dans son jardin personnel, aussitôt, Delarbre commença le transfert, mais un acte de vente du terrain empêcha de terminer l’installation.
Delarbre dut installer ses plantes dans le jardin du couvent du Bon Pasteur, situé prés des bâtiments de l’Hôtel Dieu, mais l’emplacement, si petit et mal exposé, ne pouvait être définitif.
C’est enfin le 6 frimaire de l’an II, qu’un arrêté des représentants du peuple, Couthon et Maignet, détermina le nouveau transport du jardin. L’administration désigna comme emplacement du jardin botanique, le jardin et la vigne des Pères Charitains dépossédés, leur bâtiment servit de bibliothèque. C’est alors que le jardin des plantes prit place dans la moitié nord de l’actuel jardin Lecoq, et à l’emplacement de l’actuel Rectorat.
Delarbre mit toute l’ardeur et l’énergie de son grand âge pour faire disposer les plates-bandes et diriger les plantations. Le plan fut conservé à la bibliothèque.
Le jardin prit un bel aspect, comprenant des plantes indigènes et de nombreux types exotiques, grâce à des dons et des échanges avec les jardins d’autres villes.
L’abbé Delarbre mourut en 1807 après avoir bien servi la science à Clermont, et peu après la 2ème édition de sa flore.
C’est l’abbé LACOSTE en 1807, qui prit la direction du jardin des plantes, après la mort de son ami l’abbé Delarbre.
En 1825, la Municipalité avait institué un cours de sciences naturelles au rez-de-chaussée de la bibliothèque, Lacoste fut le 1er titulaire de cette chaire.
L’abbé Lacoste décède en 1826.
Henri LECOQ, terminant ses études de pharmacie à Paris fut appelé à prendre la direction du jardin des plantes, des cours de botanique et de minéralogie, et des collections de la ville en 1826.
En 1829, un projet de serres est fait par l’architecte de la ville M. Ledru.
Dès la fin de 1830, Henri Lecoq avait redessiné le jardin botanique occupant la moitié nord du jardin de l’époque, à l’emplacement de l’actuel rectorat.
En 1854, toujours sous la direction de M. Ledru, architecte de la ville, de nombreuses transformations eurent lieu dans le tracé des rues autour du jardin. Tous les terrains non utilisés à la construction furent proposés à l’achat, en vue d’agrandir le jardin public, M. Ledru fit un plan pour le nouveau jardin.
En 1858 M. Sauty dessine un plan inspiré du plan Ledru, avec des axes orthogonaux avec un bassin central.
En 1859, les plans du nouveau jardin réorganisé par Lecoq sont adoptés, mais les transactions pour l’achat des terrains traînent en longueur, et ce n’est qu’en 1863 que les travaux débutent. Le jardin resta fermé pendant la durée des travaux .
1865, le jardin botanique s’installa à l’emplacement de l’actuelle roseraie, c’est l’année de l’achèvement du jardin avec la construction de serres, dont une chauffée, et d’un bassin où le patinage est autorisé. Le jardin des plantes fut complètement changé, agrandi par le sud, dominé par la faculté, entouré de grandes avenues.
Entre 1868 et 1870 est construit le pavillon du gardien.
C’est le 14 août 1871 qu’Henri Lecoq meurt et lègue à la ville ses collections.
Après la mort d’Henri Lecoq, le jardin des plantes prend le nom de jardin Lecoq, en 1876, le buste d’Henri Lecoq, sculpté par Chalonnax est installé dans le jardin.
Martial LAMOTTE prend la direction du jardin de 1871 à 1884, puis le docteur PAUL GIROD de 1884 à 1921.
Entre 1877 et 1905, des rénovations et des améliorations sont effectuées : la passerelle métallique, le chauffage des serres, la construction de toilettes pour dames, l’alimentation en eau du jardin par une canalisation suffisante, le kiosque.
cf : Le kiosque à musique.
Entre 1900 et 1902 a lieu la mise en place de l’éclairage, et le bassin passe de 1m80 à 0m80 de profondeur.
cf : La fontaine de Byblis est mise en place en 1905.
En 1909, la clôture totale du jardin est réalisée, l’entrée Pyramide est ouverte après la démolition de la bibliothèque,(voir grilles).
1910 voit l’arrivée à Clermont-Ferrand de l’Exposition Coloniale, et pour l’occasion est construite au jardin Lecoq la « Bonne Auberge », qui fut démolie après l’exposition.
En 1912, le jardin botanique déménage du jardin Lecoq pour s’installer de l’autre côté de l’avenue Vercingétorix et laisser place à l’aménagement de l’actuelle roseraie.
1915 voit la réédification de la porte et de la tourelle d’angle du château de Bien-Assis dans le jardin.
Entre 1923 et 1945, M. Roth est directeur du jardin et fait des démonstrations publiques de taille d’arbres fruitiers qui sont très appréciées.
En 1923, une volière est construite, en 1930, la buvette.
Avant la guerre, 39/45, le grand bassin servait au canotage, cette activité a été abandonnée, et la « batellerie » fermée. La « batellerie » était l’endroit abritant les canots, celle-ci existe toujours, mais est fermée au public.
Pendant la période de guerre, le jardin était plutôt mal entretenu et servait de dépôt au bois d’élagage des arbres des boulevards servant au chauffage.
A l’après guerre, la remise en état du jardin avance lentement, suite au manque de moyens, mais dès 1947, sous la direction d’Alexandre DUPUY, le jardin botanique est amélioré, et le jardin Lecoq s’embellit.
En 1952, on accueille un phoque moine de 200 kilos, capturé en Oranie.
En 1955 le kiosque est remplacé par le théâtre de verdure.
1962 est l’année où le jardin accueille de nombreux pensionnaires : phoque capucin, singes, ragondins, cygnes, canards et daims. Le phoque s’appelait Banquise, et avait été donné par le poissonnier de l’Avenue Charras qui le nourrissait.
En 1968, mort du phoque, le cheval du jardin Lecoq est mort après avoir passé une longue et paisible retraite, il avait longtemps servi à la traction d’une remorque pour ramasser les feuilles, déplacer de la terre, du terreau, des plantes, et faire tous les travaux lourds du jardin.
1971 voit la construction de l’animalerie et d’un bassin afin d’accueillir 2 otaries.
En 1974, la direction du service des Espaces Verts, le jardin botanique et le service production des serres s’installent rue de la Charme.
Les serres de production du jardin Lecoq sont démolies en 1977 et en 1978, des jeux d’enfants sont aménagés à leur emplacement.
1989 voit la plantation d’un séquoïa offert par le Comité Américain pour le bicentenaire de la révolution.
De 1993 à 1995, les allées sont re goudronnées d’enrobé rouge et les bancs sont remplacés, 1995 voit aussi la mort de l’otarie femelle.
C’est en 1999 que meurt l’otarie mâle, naturalisée, elle est visible au musée Lecoq ; la volière et le bassin des otaries sont démolis et remplacés par une pelouse.
Mais 1999 est aussi l’année de la tempête qui fit d’énormes dégâts dans les grands arbres du jardin. En 2000, des arbres furent replantés.
En 2002, c’est le plan lumière, en effet, 260 projecteurs intégrés dans les masses végétales constituent un tableau nocturne visible de l’extérieur, une partie a été traitée selon un éclairage dynamique à plusieurs couleurs, en particulier dans la roseraie. Les arbustes en bordure du jardin ont été arrachés, afin de permettre une vue sur le jardin éclairé.
En 2005, suite à un contrôle phytosanitaire, de nombreux arbres ont été remplacés, car dangereux, par de nouveaux sujets de plus grande diversité. Le théâtre de verdure a été remplacé par des pelouses et de nouvelles plantations.
Au printemps 2006, suite au plan départemental de lutte contre la pandémie grippale, les 2 cygnes et 17 canards du Jardin Lecoq ont été confinés au Jardin Botanique de la Charme afin d’être protégés d’une éventuelle contamination par des oiseaux de passage.